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把DNA序列转换成多肽链的程序。

萌新一次对 Shell 的尝试。

为什么要写这个小程序?

是这样的,生物课要被迫看这种东西:

ORIGIN      
        1 attaaaggtt tataccttcc caggtaacaa accaaccaac tttcgatctc ttgtagatct
       61 gttctctaaa cgaactttaa aatctgtgtg gctgtcactc ggctgcatgc ttagtgcact
      121 cacgcagtat aattaataac taattactgt cgttgacagg acacgagtaa ctcgtctatc
      181 ttctgcaggc tgcttacggt ttcgtccgtg ttgcagccga tcatcagcac atctaggttt
      241 cgtccgggtg tgaccgaaag gtaagatgga gagccttgtc cctggtttca acgagaaaac

你吐了,我也吐了。于是就有了 eRibosome!

为什么选择 Shell?

因为最近在做服务器相关的运营和维护,一直在写 Shell,发现了 Shell 的强大,所以选择了 Shell。

在哪能找到这个小程序?

可以从 GitHub 下载。

它现在能做什么?

目前只有最基本的功能,也就是把一段 DNA 或者 mRNA 序列转录成一段多肽链。可以显示每个氨基酸的两种简写符号和最最基本的化学性质,以十个为一组。

可以选择从文件中提取转录,适合大段内容的转录;也可以直接在 Terminal 里手打,适合简单的查询和少量内容的转录。

怎么用?

打开 Terminal,下载代码,开始使用。

$ git clone https://github.com/metheno/eRibosome.git
$ cd eRibosome
$ bash eRibosome.sh -h

Usage: eRibosome.sh [-f <path>] [-h] [-i <seq>] [-v]
-f:    translate a DNA/mRNA sequence from a file
-i:    translate a DNA/mRNA sequence provided in console
-p:    specify input as a prokaryote DNA/mRNA sequence
-e:    specify input as a eukaryote DNA/mRNA sequence

-h:    displays help message
-v:    displays version

Note: /Users/metheno/Downloads/programs/eRibosome/eRibosome.sh reads the coding strand of dsDNA.
      /Users/metheno/Downloads/programs/eRibosome/eRibosome.sh has mRNA capability.

目前实现的功能十分有限,之后还会有进一步更新,不过现在运行起来长这个样子:

Screenshot

进一步更新?

目前 -p-e 所描述的功能还没有完成。这个是打算识别不同的序列,比如SD序列,来进行更自动化的转录。binding_site_p() 这个函数实现了SD序列的检测,不过目前我还不太会用 getops,所以只好暂时放置。

理想的操作是,像这样加一个 -fp 就能自动将一个文件里的 DNA 序列当作一个原核生物 DNA 转录的。

$ bash eRibosome.sh -fp /path/to/file

总之,慢慢更新。

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